Biofilmi, organizirane mikrobne združbe, so pogosto skriti vzrok ponavljajočih se okužb pri ljudeh in živalih ter kontaminacij pri pridelavi hrane in zdravil. Ker se te združbe razraščajo v 3D-strukture, je mikroskopija za njihovo raziskovanje vse pomembnejša, obdelava podatkov pa zahteva multidisciplinarno znanje. Na IJS so raziskovalke in raziskovalci odsekov za biotehnologijo, tehnologije znanja ter fiziko trdne snovi razvili novo orodje za analizo slik biofilmov, imenovano MicroICS - trenutno edino orodje, ki povezuje analizo konfokalnih fluorescenčnih slik biofilmov s strojnim učenjem. Sestavljeno je iz treh modulov: prvi slike pretvori v kvantitativne strukturne značilke, drugi nauči modele, kako se te značilke povezujejo z biološkim kontekstom, tretji pa naučene modele uporabi za napovedovanje in razvrščanje novih slik. Orodje je namenjeno raziskovanju povezav med 3D-strukturo biofilmov in njihovo funkcijo, je odprtokodno in na voljo raziskovalcem za nadgradnjo in razširjanje. Članek o razvoju in funkcionalnostih je bil objavljen v ugledni reviji npj Biofilms and Microbiomes.