Poslanstvo Instituta "Jožef Stefan" je v zbiranju, ustvarjanju in širjenju znanja na najvišji ravni naravoslovnih in tehniških znanosti za blagostanje slovenske družbe in človeštva nasploh. Z nenehnim razvojem novega znanja IJS zagotavlja vrhunsko izobrazbo kadrom ter raziskave in razvoj tehnologij na najvišji mednarodni ravni odličnosti.
Poslanstvo IJS uresničuje:
- z vrhunskim, profesionalnim načinom raziskav v vrhu znanosti na vseh ravneh, od temeljnih raziskav do z industrijo podprtega razvoja visokih tehnologij;
- z izobraževanjem, ki je vpeto v raziskave in razvoj na področjih osnovnih in interdisciplinarnih ved naravoslovnih in tehniških znanosti ter inženirstva; pri tem IJS tesno sodeluje z Univerzo v Ljubljani in drugimi kvalitetnimi visokošolskimi institucijami v Sloveniji in po svetu;
- s poudarkom na novih raziskovalnih temah, ki so v osnovi pogosto interdisciplinarne in za uspeh katerih je potrebno doseganje kritične mase opreme, infrastrukture in raziskovalcev na enem samem mestu;
- s prenosom tehnologij in kadrov v industrijo, vključujoč razvoj in podporo "spin-off" in skupnih podjetij na področjih visoke tehnologije;
- z ozaveščanjem javnosti, predvsem mladine, o rastočem pomenu znanosti in tehnologije;
- z okoljevarstvenimi storitvami in storitvami na področju javne varnosti, vključujoč področja obrambe, jedrske varnosti, kemičnega in biološkega onesnaževanja..;
- s privzemanjem prilagodljivih fleksibilnih, ciljno usmerjenih organizacijskih struktur, ki lahko hitro odgovorijo na nove izzive in ponudijo usluge za uspešen prenos tehnologije v industrijo.