= Uporaba gruče IJS =

Gruča IJS je dostopna za uporabnike virtualne organizacije {{{nsc.ijs.si}}} preko strežnika {{{nsc.ijs.si}}} '''z vmesnikom ARC'''. Trenutno za dostop ni omejitev, v primeru prevelike zasedenosti pa upabljamo prioritete in sistem "fair share" (uporabniki skupin, ki močno uporabljajo gručo, dobijo nižjo prioritet). Za dostop morate pridobiti [[nsc/Elektronsko potrdilo za znanost|pridobiti osebno elektronsko potrdilo]] in se [[nsc/Avtorizacija VOMS|prijaviti v virtualno organizacijo]]. Uporabniki  {{{gen.vo.sling.si}}} imajo prav tako dostop (odprti nacionalni dostop), a z nižjo prioriteto.

Za interaktivni dostop morate pridobiti še uporabniško ime SLING (zaprosite na support@sling.si) in se registrirati na http://fido.sling.si/. Interaktivni dostop poleg vmesne programske opreme ARC omogoča tudi uporabo sistema '''SLURM'''. Navodila za uporabo so na voljo tudi na [[https://doc.sling.si/|spletnih straneh za dokumentacijo SLING.]]

== Primer testne naloge ==

Najprej zagotovite, da imate posredno potrdilo (proxy certificate):
{{{#!highlight bash
arcproxy -S nsc.ijs.si \
  || echo "arcproxy failed; register and try again." && exit
echo ''
}}}

Vsaka naloga mora imeti '''opisno datoteko''':

{{{#!highlight bash
echo 'Preparing for a test job'
cat > test1.xrsl << FNORD
&
(executable = /usr/bin/env)
(jobname = "test1")
(stdout=test.log)
(join=yes)
(gridtime=1000)
(gmlog=gmlog)
(memory=2000)
FNORD
}}}

V tem primeru namesto zagonske skriptne datoteke uporabljamo sistemski ukaz /usr/bin/env, ki izpiše okoljske spremenljivke v sistemu.

 * Znak & označuje, da mora arcsub pri izvršitvi naloge uporabiti vse elemente datoteke xrsl.
 * executable je ukaz, ki ga bomo izvršili na gruči,
 * jobname označuje ime naloge,
 * join=yes bo združil izpis STDERR in STDOUT v STDOUT,
 * stdout označuje, kakšno bo ime izhodnega dokumenta,
 * gmlog označuje, kam bodo shranjene dnevniške datoteke upravljavca gruče (če kaj ne deluje, je datoteka koristna za odkrivanje napak)
 * memory=2000 označuje, da za nalogo potrebujemo 2GB pomnilnika. Vrednost vedno označujemo v MB in na 1 jedro


== Oddajanje nalog ==

Nalogo lahko pošljete s preprostim ukazom:
{{{
# Submitting your test job:
arcsub -c nsc.ijs.si  test1.xrsl
}}}

Če naletite na težave, lahko vklopite veliko dodatne diagnostike:
{{{#!highlight bash
# this is for looking at problems:
arcsub -c nsc.ijs.si test1.xrsl -d DEBUG
}}}

Potem lahko preverite status svojih nalog:
{{{#!highlight bash
echo 'This is how we test for job status - bit it takes 5 minutes for the infosystem to catch up: arcstat -a'
arcstat -a
}}}

Status nalog bo viden tudi tu: [[http://www.sling.si/gridmonitor/loadmon.php|Spletni monitor nalog v slovenskem omrežju SLING]]

Z ukazom {{{arcls}}} lahko vidite seznam datotek v direktorijih, kjer dela naloga.

Z ukazom {{{arcget}}} lahko vidite izpis standarniz izhodnih kanalov (STDERR, STDOUT) naloge.

== Prevzemanje nalog ==

Ko je naloga končana, jo lahko prevzamte z ukazom  {{{arcget}}} - argument je lahko ID naloge ali ime naloge; s paremetrom {{{-a}}} lahko prevzamete vse končane naloge :

    * {{{arcget gsiftp://nsc.ijs.si/jobs/<long-hash>}}}
    * {{{arcget test1}}}
    * {{{arcget -a}}}

Prevzamete lahko končane naloge, ne glede na to, ali so končale uspešno ali ne. Po koncu naloge se bodo ohranile samo datoteke, ki so bile navedene kot izodne datoteke.

== Naloga z zagonsko skripto ==


Najprej pripravimo opis naloge {{{hellogrid.xrsl}}}

{{{
&
(jobName="HelloGrid")
(executable="run.sh")
(inputfiles=
  ("run.sh" "") 
)
(stdout="out.txt")
(stderr="err.txt")
(gmlog="gmlog")
}}}

Zagonska skripta za nalogo run.sh mora biti v direktoriju, iz katerega boste nalogo poslali. Ce bi želeli uporabiti datoteko, dostopno kje drugje, je za to namenjen drugi argument v strukturi:

{{{
(inputfiles=
  ("run.sh" "http://pot.do.datoteke/run.sh")
)
}}}

Če tega ne potrebujete, lahko vhodno datoteko, ki je navedena tudi kot {{{executable}}}, pri {{{inputfiles}}} izpustite.

Uredimo še {{{run.sh}}}:

{{{#!highlight bash
#!/bin/sh
echo "Hello, grid"
}}}

Nalogo pošljemo v izvajanje:

{{{
arcsub -c nsc.ijs.si  hellogrid.xrsl
}}}

== Naloga v skriptnem jeziku ==

Primer naloge v Pythonu - opis naloge bo v datoteki {{{vsota.xrsl}}}:

{{{
&
(jobName="vsota")
(executable="vsota.sh")
(inputfiles=
  ("vsota.py" "vsota.py")
)
(outputfiles=("/"  " ")
)
(stdout="out.txt")
(stderr="err.txt")
(gmlog="gmlog")
}}}


Skripte vsota.sh nismo navedli med vhodnimi datotekami.
Kot izodno datoteko smo navedli kar "/" - vse datoteke bodo ohranjene.

Program {{{vsota.py}}}:

{{{#!highlight python
sum = 0
print "Izpisi stevilke: "
for x in ["1", "1050","164999"]: print x
print "Sestej stevilke "
for y in [1,1050,164999]: sum=sum+y
print sum
}}}

Zagonska skripta {{{vsota.sh}}}:

{{{#!highlight bash
#!/bin/sh
python vsota.py
}}}

Primer naloge v C:

primer.c in primer.sh se morata nahajati v direktoriju, iz katerega boste nalogo poslali.

Najprej pripravimo opis naloge {{{prime-number.xrsl}}}:

{{{
& 
(jobname="NalogaC")
(executable="prime-number.sh")
(inputfiles=
  ("prime-number.c" "")
)
(stdout="prime-number.txt")
(stderr="prime-number.err")
(gmlog="gmlog")

}}}

Nato še program {{{prime-number.c}}}

{{{#!highlight c
#include<stdio.h>
 
int main()
{
   int n = 1000, i = 3, count, c;
 
   if ( n >= 1 )
   {
      printf("First %d prime numbers are :\n",n);
      printf("2\n");
   }
 
   for ( count = 2 ; count <= n ;  )
   {
      for ( c = 2 ; c <= i - 1 ; c++ )
      {
         if ( i%c == 0 )
            break;
      }
      if ( c == i )
      {
         printf("%d\n",i);
         count++;
      }
      i++;
   }
 
   return 0;
}
}}}

In zagonska skripto prime-number.sh:

{{{#!highlight bash
#!/bin/sh
date 
gcc prime-number.c -o primenumber
./primenumber
date
}}}

== Navodila in dokumentacija ==

Priporočljivi viri:

 * [[http://doc.sling.si/|Navodila in gradivo na spletnih straneh SLING]]
 * [[http://www.nordugrid.org/papers.html|Dokumentacija na NorduGird ARC]]
 * [[http://www.nordugrid.org/documents/arc-ui.pdf|ARC Client User Manual]]
 * [[http://www.nordugrid.org/documents/xrsl.pdf|ARC XRLS Job Description Language Reference]]
 * [[http://www.sling.si/sling/vec/dogodki/|Starejše delavnice SLING]]
 * [[https://slurm.schedmd.com/|Navodila za interaktivno uporabo s sistemom SLURM]]

----
{i} ''Navodila so pripravljena na osnovi dela Barbare Krašovec v okviru delavnic SLING.''

Za obveščanje o delu gruče se prijavite na nsc-users@ijs.si

Za pomoč, podporo, navodila in napake v dokumentaciji se obrnite na nsc-info@ijs.si